Collection de Cultures de Centre de Recherche en Infectiologie (CCRI ) et base de données relationnelle Mégabanque.
La Collection de Cultures du Centre de Recherche en Infectiologie de l’Université Laval est inscrite comme WDCM861 au Centre mondial de données pour les micro-organismes (WDCM) et l’acronyme CCRI lui a été officiellement attribué afin d’identifier toutes les souches de notre collection. Cet identifiant unique facilite l’échange de souches avec nos collaborateurs et assure la citation et le référencement approprié de nos souches par la communauté scientifique.
La CCRI détient plus de 20 000 souches microbiennes comprenant 852 espèces bactériennes, 553 d’entre elles sont des agents pathogènes humains, 87 espèces de champignons, 67 de ces derniers sont des espèces pathogènes fongiques humains. Nous avons également 14 espèces virales couvrant principalement les pathogènes respiratoires humains.
Collection de microbiotes humains
Pour maintenir un inventaire adéquat des milliers de souches de notre collection, nous avons construit une base de données relationnelle liant l’information des souches, les phénotypes, les profils de résistance, les génotypes et les données de séquence . Cette base de données nommée Mégabanque est hébergée sur un serveur de base de données MySQL situé dans notre laboratoire au centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval. Ceci permet l’accessibilité rapide aux données via une interface simple à interroger qui peut de plus être personnalisée selon les besoins de chaque utilisateur. Cela assure également le partage sécurisé des données, le contrôle sur les données accessibles à chaque utilisateur et la validation de la saisie des données. La base de données relationnelle peut être reliée à d’autres bases de données publiques ou privées et à divers outils d’analyse. Ceci permet de réorganiser les fichiers de données de séquences correspondant à des souches différentes en fonction de différents niveaux taxonomiques telles que les espèces, genres et familles ou en fonction de caractéristiques telles que la coloration de Gram ou de l’origine de la souche.
Les souches de la CCRI sont identifiées par des méthodes phénotypiques et leurs profils de susceptibilité aux antibiotiques sont déterminés selon des protocoles standardisés écrits et validés dans un système qualité ayant des exigences comparables aux normes les plus élevées de l’industrie pharmaceutique. L’identification génétique basée sur la séquence de l’ADNr 16S ainsi que sur des gènes codant pour des protéines conservées évolution et les génomes complet est également couramment pratiquée. Nous avons également détecté et séquencé les gènes de résistance ou des mutations pour plusieurs souches de notre collection. Toutes les données de séquences ont été acquises dans le cadre des protocoles normalisés et la qualité de la séquence ainsi que des annotations a été revue par au moins deux membres du personnel qualifiés. Toutes les souches sont conservées au moins en duplicata à -80 °C et, en outre, de nombreuses souches sont également conservées par lyophilisation pour assurer la stabilité de stockage à long terme. Cela pourrait être d’une importance primordiale pour la protéomique et des expériences de profil d’expression génique. Du personnel spécialement formé assure l’entretien de la collection en adhérant à des règles strictes. Cela minimise la mauvaise gestion des souches, assure l’identification appropriée et valide la saisie des données. Les exigences en matière de système qualité permettent également la correction continue des erreurs sous la supervision de collègues et supérieurs.
Maurice Boissinot Curateur de la CCRI